Novak fue el primer obispo de la diócesis de Quilmes, asumiendo esa responsabilidad el 19 de septiembre de 1976, pocos meses después de iniciada la última dictadura militar, conocida como Proceso de Reorganización Nacional. Decidido a denunciar los crímenes que se cometían entonces, fue -junto al obispo de Neuquén, monseñor Jaime de Nevares, y al de Morón, Justo Laguna-, uno de los prelados que más se ocupó de reclamar el respeto a los derechos del hombre.
Para reforzar esa prédica, fue cofundador del Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos, que presidió durante varios años. Sus homilías y documentos fueron históricos y sirvieron para esclarecer a los fieles y la comunidad en general, frente al silencio por el que habían optado algunos prelados durante los oscuros años de la dictadura.
Vivió en la humildad
Novak se destacó además por vivir en condiciones de suma humildad, por lo que siempre rehusó ocupar viviendas lujosas como se le había ofrecido cuando asumió el Obispado.
Asimismo, por sus actitudes fue considerado un adalid de los derechos humanos y un hombre comprometido con los sufrimientos de los muchos argentinos castigados por la "dictadura de los mercados".
A pesar de su humildad y reserva, monseñor Novak siempre tuvo la firme convicción de su misión de pastor de los hombres, por eso su palabra valiente y serena molestaba a los poderosos; porque no era una palabra política sino religiosa.
No dejaba que lo llamaran "monseñor", prefería ser el "padre-obispo" simplemente, porque estaba convencido de que los hombres de Iglesia debían ejercer "una paternidad que conviene proclamar".
Desde el Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos, organismo del que fue copresidente hasta su muerte, llevó adelante una acción valiente. En su sede pasaba horas escuchando y consolando a familiares de desaparecidos o recopilando datos, nombres y los detalles de cada caso.
Contra el modelo neoliberal
También en lo social su voz se hizo oír, por eso cada 1º de mayo se ponía al frente de la marcha popular y manifestación que se hacía en la rotonda de Alpargatas, en el ingreso a Quilmes, para pedir trabajo y cuestionar las consecuencias "nefastas" del modelo neoliberal.
Desde la ordenación episcopal, dio impulso a centros de formación y de servicios, creando y sosteniendo más de quince instituciones de la diócesis, entre las cuales figura la Casa de la Caridad, la Escuela de Ministerios para Laicos, San Juan Evangelista, jardines de infantes, colegios primarios y secundarios. En 1985 fue nombrado profesor titular de Derechos Humanos en la Facultad de Derecho de la Universidad de Lomas de Zamora.
"Por su lucha en tiempos difíciles, para la dignidad del ser humano", en 1993 fue declarado ciudadano ilustre del partido bonaerense de Quilmes, por iniciativa de la comisión de Cultura y por el consenso unánime del Consejo Deliberante de esa localidad bonaerense.